mod_rewrite

Hab mir gerade mod_rewrite konfiguriert, nur frag ich mich gerade, ob es reicht, die rewrite regeln in der .htaccess zu hinterlegen, oder ob ich dann auch die Links in meinem gesamten Script abändern muss. Wenn ich die ändern muss, kann ich ne Funktion schreiben, die jeden Link anpasst, sodass ich nicht jeden manuell ändern muss? Müsste das ganze ja dann wieder abändern, wenn mod_rewrite irgendwann mal nicht auf nem server Läuft, wo das Script zum Einsatz kommen soll..